Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания... Землю атакуют "Ангелы", загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Единственное оружие на планете, способное им противостоять - роботы серии "Евангелион", созданные при помощи передовых биотехнологий. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью "синхронизировать" себя с роботом и управлять "Евангелионом" как собственным телом. Эти уникальные бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации "NERV", возглавляющей защиту Земли от вторжения. Синдзи, Аска и Рей - пилоты, между которыми складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих "Ангелов"...

Микадо Рюгаминэ, несмотря на громкое имя (оно значит «император Горы Дракона») – тихий и скромный парень. До поры до времени он безвылазно жил в столичном предместье, а диким тусовкам и ночным прогулкам предпочитал общение по Интернету. Но герою внезапно захотелось нового – и вот, по совету друга детства, он переводится в старшую школу Райра, что находится в Икэбукуро – одном из самых веселых и опасных районов Токио. Прибыв туда, Микадо словно окунается в иной мир, а старый друг Масаоми, подобно Вергилию, постепенно ведет гостя все глубже по ярусам новой обители…

Кончается эпоха Эдо. Пока что границы Японии еще прочны, но власть сегуната шатается, а «черные корабли» маячат на горизонте. Кризис уже близок – в стране множество безземельных самураев, которым нечего делать и кушать, а очень хочется денег и драки. И вот в столицу прибывает в поисках работы очередной ронин по имени Акицу Масаносукэ, уникальный тем, что отлично владеет мечом, хорошо воспитан, но при этом… патологически застенчив и неуверен в себе. Кому нужен воин, что при встрече с грубиянами лишь извиняется, не поднимая глаз? Акицу вполне мог умереть с голоду, если бы не встреча со странным парнем Яйти, по виду плейбоем и повесой, который вдруг предложил ему работу телохранителя.